Doanh nghiệp 5 năm chưa kiểm tra thuế có thể được chọn kiểm tra

Quy trình kiểm tra thuế mới chính thức được áp dụng

Ngày 14/8/2026, Cục trưởng Cục Thuế ban hành Quyết định 1161/QĐ-CT, kèm theo Quy trình kiểm tra thuế mới. Quyết định có hiệu lực ngay từ ngày ban hành và đồng thời chấm dứt hiệu lực của Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023 về quy trình kiểm tra thuế, ngoại trừ các trường hợp chuyển tiếp được quy định cụ thể.

Điểm đáng chú ý của quy trình mới không chỉ nằm ở việc thay đổi trình tự thực hiện một cuộc kiểm tra. Cách thức cơ quan thuế lựa chọn doanh nghiệp để kiểm tra cũng được định hướng rõ hơn theo nguyên tắc quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro, đồng thời tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin trong quá trình phân tích, đánh giá người nộp thuế.

Theo đó, mục tiêu của quy trình là giúp cơ quan thuế phát hiện và xử lý kịp thời các hành vi vi phạm, hạn chế thất thu ngân sách, đồng thời nâng cao ý thức tự giác chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp và người nộp thuế.

Doanh nghiệp hơn 5 năm chưa kiểm tra thuế được lưu ý

Một trong những nội dung đáng quan tâm nhất tại Quy trình mới là tiêu chí lựa chọn doanh nghiệp cho kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm.

Cơ quan thuế trước hết thực hiện phân tích mức độ tuân thủ và phân loại rủi ro của người nộp thuế. Từ kết quả đánh giá, các trường hợp có mức độ rủi ro cao sẽ được ưu tiên xem xét theo thứ tự từ cao xuống thấp. Trong quá trình này, cơ quan thuế kết hợp xem xét những người nộp thuế đã quá 5 năm chưa được kiểm tra thuế.

Điều này cần được hiểu chính xác: doanh nghiệp trên 5 năm chưa được kiểm tra thuế không đồng nghĩa chắc chắn sẽ bị kiểm tra thuế. Mốc thời gian này là một yếu tố được cơ quan thuế xem xét khi lựa chọn đối tượng kiểm tra, bên cạnh kết quả phân tích tuân thủ và mức độ rủi ro.

Nói cách khác, việc nhiều năm chưa được kiểm tra không phải là một hành vi vi phạm hay căn cứ duy nhất để cơ quan thuế tiến hành kiểm tra. Tuy nhiên, đây có thể trở thành một yếu tố khiến doanh nghiệp được đưa vào diện cân nhắc trong kế hoạch kiểm tra nếu kết hợp với các thông tin và tiêu chí quản lý rủi ro khác.

Phần lớn đối tượng kiểm tra được lựa chọn dựa trên rủi ro

Quy trình mới đặt trọng tâm khá rõ vào phương pháp quản lý rủi ro.

Theo quy định, trong số các trường hợp được lựa chọn để kiểm tra theo kế hoạch hằng năm, không dưới 90% được lựa chọn thông qua việc phân tích, đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật thuế và phân loại rủi ro. Phần lựa chọn ngẫu nhiên được giới hạn không quá 10%.

Cơ chế này cho thấy việc kiểm tra thuế không còn được định hướng đơn thuần theo cách lựa chọn thủ công hoặc dàn trải. Thay vào đó, dữ liệu về tình hình chấp hành nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp sẽ đóng vai trò quan trọng trong việc xác định đối tượng cần kiểm tra.

Một số điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý

• Quá 5 năm chưa kiểm tra thuế: được xem xét kết hợp khi lựa chọn đối tượng kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề.
• Rủi ro thuế cao: là yếu tố quan trọng trong việc xếp hạng và lựa chọn doanh nghiệp.
• Thông tin phát sinh trong quá trình quản lý: nếu cho thấy doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao, cơ quan thuế có thể xem xét bổ sung vào kế hoạch kiểm tra.
• Dữ liệu và công nghệ: được sử dụng để hỗ trợ phân tích rủi ro, lập kế hoạch và lựa chọn đối tượng kiểm tra.

Không chỉ doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm mới thuộc diện kiểm tra

Một điểm cần lưu ý là Quy trình 1161/QĐ-CT không giới hạn kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp trong trường hợp có dấu hiệu vi phạm.

Theo quy trình mới, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế còn có thể được thực hiện đối với nhiều trường hợp khác, chẳng hạn kiểm tra trước hoặc sau hoàn thuế theo nguyên tắc quản lý rủi ro; kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề; kiểm tra theo yêu cầu của cơ quan hoặc người có thẩm quyền; kiểm tra đối với người nộp thuế có rủi ro cao khi chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động hoặc chuyển địa điểm kinh doanh.

Ngoài ra, trường hợp giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế hoặc hồ sơ miễn, giảm thuế có rủi ro cao cũng có thể thuộc phạm vi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Vì vậy, doanh nghiệp không nên hiểu rằng chỉ cần không có thông báo vi phạm hoặc nhiều năm chưa bị kiểm tra thì có thể hoàn toàn yên tâm. Phạm vi lựa chọn hiện được xây dựng trên nhiều nhóm thông tin và mức độ rủi ro khác nhau.

Doanh nghiệp nên chủ động rà soát trước khi được lựa chọn kiểm tra

Quy định mới đặt doanh nghiệp trước một yêu cầu thực tế: không nên chờ đến khi có quyết định kiểm tra mới bắt đầu rà soát hồ sơ thuế.

Đặc biệt với những doanh nghiệp đã hoạt động trong thời gian dài nhưng chưa từng hoặc đã lâu chưa được kiểm tra, việc chủ động kiểm tra nội bộ có ý nghĩa quan trọng. Doanh nghiệp nên đối chiếu số liệu kế toán với hồ sơ khai thuế, kiểm tra tính đầy đủ của hóa đơn, chứng từ, hợp đồng, doanh thu, chi phí, các khoản khấu trừ và những hồ sơ liên quan đến nghĩa vụ thuế.

Đồng thời, cần chú ý những vấn đề có thể tạo ra rủi ro trong dữ liệu thuế. Khi cơ quan thuế ngày càng sử dụng phương thức phân tích dữ liệu và đánh giá rủi ro để lựa chọn đối tượng kiểm tra, sự không nhất quán giữa các hồ sơ, kỳ khai thuế hoặc thông tin doanh nghiệp cung cấp có thể trở thành yếu tố cần được giải trình.

Kiểm tra thuế đang chuyển từ “hậu kiểm” sang quản trị rủi ro

Có thể thấy, Quyết định 1161/QĐ-CT phản ánh xu hướng chuyển đổi đáng kể trong phương thức quản lý thuế: tập trung nguồn lực vào những trường hợp có khả năng phát sinh rủi ro cao, thay vì kiểm tra dàn trải.

Trong mô hình này, lịch sử tuân thủ của doanh nghiệp trở thành một phần quan trọng trong quá trình đánh giá. Một doanh nghiệp có nhiều năm chấp hành tốt nghĩa vụ thuế, hồ sơ kê khai nhất quán và không xuất hiện dấu hiệu bất thường có thể có mức độ rủi ro thấp hơn. Ngược lại, doanh nghiệp có các chỉ báo rủi ro cao có thể được ưu tiên kiểm tra.

Việc bổ sung yếu tố “đã quá 5 năm chưa được kiểm tra thuế” cũng có thể được nhìn nhận dưới góc độ cân bằng trong quản lý. Một doanh nghiệp trong thời gian dài chưa được kiểm tra vẫn có thể được đưa vào diện xem xét nhằm bảo đảm hoạt động kiểm tra được thực hiện tương đối toàn diện, thay vì chỉ tập trung lặp lại vào một nhóm doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro rõ ràng.

Doanh nghiệp cần thay đổi cách chuẩn bị hồ sơ thuế

Quy trình mới không chỉ là vấn đề của cơ quan thuế mà còn đặt ra yêu cầu quản trị mới đối với doanh nghiệp.

Nếu trước đây doanh nghiệp thường quan tâm đến việc “có bị kiểm tra hay không”, thì trong bối cảnh quản lý thuế dựa trên rủi ro, câu hỏi quan trọng hơn là hồ sơ và dữ liệu thuế của doanh nghiệp đang được nhìn nhận ở mức độ rủi ro nào.

Do đó, việc lưu trữ chứng từ, giải trình các giao dịch có giá trị lớn, kiểm soát hóa đơn đầu vào – đầu ra, đối chiếu doanh thu giữa kế toán và kê khai thuế, cũng như rà soát các khoản chi phí có điều kiện khấu trừ hoặc tính vào chi phí được trừ cần được thực hiện thường xuyên.

Đặc biệt, doanh nghiệp đã hoạt động trên 5 năm mà chưa được kiểm tra thuế nên coi đây là thời điểm phù hợp để thực hiện một đợt tự kiểm tra và đánh giá rủi ro thuế nội bộ. Đây không phải là dấu hiệu cho thấy doanh nghiệp chắc chắn sẽ bị kiểm tra, nhưng là biện pháp phòng ngừa hợp lý trước cơ chế lựa chọn đối tượng kiểm tra mới.

Trình tự kiểm tra tại doanh nghiệp cũng được quy định rõ

Khi một cuộc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được tiến hành, Quy trình 1161/QĐ-CT quy định các bước chính gồm công bố quyết định kiểm tra, thực hiện kiểm tra tại trụ sở, lập biên bản, xử lý kết quả và theo dõi, đôn đốc việc thực hiện kết quả sau kiểm tra. Thời hạn kiểm tra tính từ ngày công bố quyết định là tối đa 20 ngày và có thể được gia hạn một lần nhưng không quá 20 ngày.

Việc quy định cụ thể các bước này giúp quá trình kiểm tra có cơ sở thực hiện thống nhất hơn, đồng thời doanh nghiệp cũng có thể chủ động chuẩn bị nhân sự, hồ sơ và tài liệu cần thiết khi nhận được quyết định kiểm tra.

Kết luận

Quyết định 1161/QĐ-CT có hiệu lực từ ngày 14/8/2026 đang tạo ra một cách tiếp cận mới trong hoạt động kiểm tra thuế. Đáng chú ý, doanh nghiệp đã quá 5 năm chưa được kiểm tra thuế có thể được xem xét khi xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra, nhưng đây chỉ là một yếu tố kết hợp với việc đánh giá tuân thủ và phân loại rủi ro, không phải căn cứ duy nhất để quyết định kiểm tra.

Với doanh nghiệp, thông điệp quan trọng nhất không phải là lo ngại về mốc 5 năm, mà là cần chuyển từ tâm lý ứng phó sang chủ động quản trị rủi ro thuế. Khi hoạt động kiểm tra ngày càng dựa nhiều vào dữ liệu, mức độ tuân thủ và phân tích rủi ro, việc duy trì hồ sơ thuế đầy đủ, số liệu nhất quán và có khả năng giải trình sẽ trở thành yếu tố quan trọng giúp doanh nghiệp giảm thiểu nguy cơ phát sinh vấn đề trong quá trình kiểm tra.