Hướng dẫn hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế mới nhất theo Thông tư 90/2026/TT-BTC

Trong quá trình tổ chức lại doanh nghiệp, giải thể hay thu hẹp quy mô hoạt động, chấm dứt hiệu lực mã số thuế (MST) là bước bắt buộc để hoàn tất nghĩa vụ tài chính với Nhà nước. Thông tư 90/2026/TT-BTC ra đời đã cụ thể hóa danh mục hồ sơ cho từng nhóm đối tượng người nộp thuế, giúp các tổ chức và doanh nghiệp chủ động chuẩn bị chính xác ngay từ đầu.
Dưới đây là tổng hợp chi tiết các thành phần hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế phân theo 5 trường hợp điển hình theo quy định tại Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.

Doanh nghiệp giải thể theo cơ chế một cửa liên thông

Đối với các doanh nghiệp, hợp tác xã thực hiện thủ tục đăng ký thuế cùng với đăng ký kinh doanh theo cơ chế liên thông, việc đóng mã số thuế được thực hiện qua sự trao đổi dữ liệu giữa Cơ quan Đăng ký kinh doanh và Cơ quan Thuế.

• Thủ tục thực hiện: Doanh nghiệp nộp hồ sơ giải thể hoặc chấm dứt hoạt động trực tiếp tại Cơ quan Đăng ký kinh doanh.
• Cơ quan đăng ký kinh doanh có trách nhiệm chuyển thông tin sang cơ quan thuế, bao gồm:
  • Thông tin về quyết định giải thể doanh nghiệp, hợp tác xã hoặc thông báo tổ hợp tác đang làm thủ tục chấm dứt hoạt động.
  • Thông tin giải thể, chấm dứt tồn tại do chia, hợp nhất, sáp nhập; hoặc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, tổ hợp tác.

Trường hợp chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc

Chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp, hợp tác xã bắt buộc phải hoàn thành nghĩa vụ thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi làm thủ tục chấm dứt hoạt động tại cơ quan đăng ký kinh doanh.

• Thời hạn nộp hồ sơ: Trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày có quyết định/thông báo chấm dứt hoạt động hoặc quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động (áp dụng nếu luật chuyên ngành không quy định thời hạn cụ thể).
• Danh mục hồ sơ cần chuẩn bị:
  • Văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế (Mẫu số 24/ĐKT ban hành kèm Thông tư 90/2026/TT-BTC).
  • Bản sao quyết định hoặc thông báo của doanh nghiệp/hợp tác xã về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện.
  • Bản sao quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện từ cơ quan nhà nước có thẩm quyền (nếu thuộc trường hợp bị thu hồi).

Trường hợp bị cơ quan thuế thông báo "Không hoạt động tại địa chỉ đăng ký"

Các đơn vị đang rơi vào trạng thái bỏ địa điểm kinh doanh nhưng muốn làm thủ tục giải thể hoặc chấm dứt hoạt động bắt buộc phải đến làm việc với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để khắc phục nghĩa vụ thuế trước.

• Danh mục hồ sơ chung: Văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế (Mẫu số 24/ĐKT).
• Kèm theo các giấy tờ tùy thuộc loại hình:
  • Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã: Bản sao nghị quyết/quyết định giải thể hoặc quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
  • Đối với đơn vị phụ thuộc: Bản sao quyết định/thông báo chấm dứt hoạt động hoặc quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động.
  • Đối với tổ hợp tác: Bản sao biên bản họp các thành viên về việc chấm dứt hoạt động hoặc quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký tổ hợp tác.

Trường hợp tổ chức đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế

Áp dụng cho các tổ chức kinh tế không thuộc diện liên thông một cửa, các nhà thầu nước ngoài, hoặc ban quản lý dự án dầu khí.

Đối với đơn vị chủ quản

• Thành phần hồ sơ: Mẫu 24/ĐKT kèm bản sao một trong các văn bản: Quyết định giải thể, quyết định chia, hợp đồng hợp nhất/sáp nhập, quyết định thu hồi giấy phép, thông báo chấm dứt hoạt động hoặc quyết định chuyển đổi.
• Lưu ý về nghĩa vụ của đơn vị phụ thuộc: Đơn vị chủ quản phải gửi văn bản thông báo yêu cầu các chi nhánh/đơn vị phụ thuộc chấm dứt MST trước. Trường hợp đơn vị phụ thuộc không có khả năng hoàn thành nợ thuế, đơn vị chủ quản phải gửi văn bản điện tử cam kết kế thừa toàn bộ nghĩa vụ thuế của đơn vị phụ thuộc.

Đối với đơn vị phụ thuộc đăng ký trực tiếp

• Thành phần hồ sơ: Mẫu 24/ĐKT kèm bản sao quyết định/thông báo chấm dứt hoạt động hoặc quyết định thu hồi giấy chứng nhận hoạt động.

Đối với nhà thầu nước ngoài, nhà đầu tư hợp đồng dầu khí

• Thành phần hồ sơ: Mẫu 24/ĐKT kèm bản sao thanh lý hợp đồng, văn bản xác nhận chấm dứt hợp đồng dầu khí, hoặc bản sao văn bản chuyển nhượng toàn bộ phần vốn góp (kèm chứng từ đã hoàn thành nghĩa vụ thuế tại Việt Nam).

Trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo thông báo từ cơ quan nhà nước

Trong trường hợp này, cơ quan thuế chủ động thực hiện thủ tục dựa trên thông tin tích hợp hoặc văn bản chuyển sang từ các cơ quan chức năng khác, bao gồm:

• Quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; Quyết định tuyên bố phá sản doanh nghiệp, hợp tác xã từ Cơ quan đăng ký kinh doanh gửi qua hệ thống thông tin liên thông.
• Quyết định, thông báo thu hồi Giấy phép thành lập và hoạt động (hoặc văn bản tương đương) từ cơ quan cấp phép.
• Quyết định tuyên bố phá sản do Tòa án gửi sang.
• Thông báo chính thức của cơ quan thuế về việc người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Nhắc nhở quan trọng cho bộ phận kế toán và pháp lý

Thủ tục đóng mã số thuế đòi hỏi việc đối soát số liệu nợ thuế, hóa đơn và hoàn thành toàn bộ các nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế còn tồn đọng. Chuẩn bị đúng mẫu đơn 24/ĐKT và đính kèm chính xác các văn bản pháp lý theo Thông tư 90/2026/TT-BTC sẽ giúp doanh nghiệp rút ngắn đáng kể thời gian xử lý, tránh phát sinh chi phí phạt chậm nộp hoặc bị treo mã số thuế kéo dài.