Cơ chế quản lý thuế mới theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

1. Tải cấu trúc cơ chế khấu trừ thuế trong lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản

Thông tư 89/2026/TT-BTC đã thiết lập định hướng quản lý rủi ro tinh gọn hơn đối với các công trình, dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước thông qua hai điều chỉnh kỹ thuật cốt lõi:

• Nâng ngưỡng giá trị công trình áp dụng khấu trừ: Cơ quan Kho bạc Nhà nước dừng thực hiện việc khấu trừ 1% thuế Giá trị gia tăng (GTGT) tại nguồn đối với các công trình, hạng mục xây dựng cơ bản có tổng giá trị hợp đồng dưới 01 tỷ đồng. Quy định này giúp giảm thiểu đáng kể khối lượng giao dịch hành chính nhỏ lẻ, giảm áp lực thủ tục cho cả chủ đầu tư và hệ thống kho bạc.

• Thu hẹp phạm vi các khoản chi chịu khấu trừ tại nguồn: Loại bỏ nghĩa vụ khấu trừ thuế tự động đối với nhóm dịch vụ tư vấn đầu tư xây dựng, khảo sát địa chất, lập thiết kế - dự toán, bảo hiểm công trình, kiểm toán, kế toán và các dịch vụ kỹ thuật phụ trợ liên quan. Việc kê khai và nộp thuế đối với các hoạt động này được trả về đúng cơ chế tự kê khai, tự nộp của đơn vị cung cấp dịch vụ.

2. Chuẩn hóa tiêu chí phân bổ nghĩa vụ tài chính đối với công trình thủy điện liên tỉnh

Nhằm giải quyết triệt để các vướng mắc trong việc phân chia nguồn thu ngân sách giữa các địa phương cùng chịu tác động của dự án, Thông tư 89/2026/TT-BTC ban hành khung tiêu chí phân bổ nghĩa vụ thuế (bao gồm thuế GTGT, thuế Thu nhập doanh nghiệp và thuế Tài nguyên) đối với các nhà máy thủy điện nằm trên địa bàn từ hai tỉnh, thành phố trở lên.

Cơ cấu phân bổ dựa trên sự tổng hòa của các chỉ số kỹ thuật và thực địa:

• Tỷ lệ giá trị vốn đầu tư hạ tầng công trình thực tế trên từng địa bàn.

• Tỷ lệ diện tích lòng hồ thuộc địa giới hành chính từng tỉnh.

• Tỷ lệ kinh phí giải phóng mặt bằng, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư đã triển khai.

Sự minh bạch hóa các tỷ lệ phân bổ này giúp các cơ quan thuế địa phương chủ động trong công tác quản lý thu, đồng thời hỗ trợ doanh nghiệp vận hành thủy điện kê khai chính xác, tránh nguy cơ bị xử phạt do phân bổ sai quy định.

3. Quy định trách nhiệm thuế thay đối với mô hình kinh doanh thương mại điện tử

Đối với hoạt động kinh doanh trên không gian mạng, Thông tư 89/2026/TT-BTC chuyển dịch mạnh mẽ mô hình quản lý từ "người bán tự kê khai" sang "chủ sở hữu nền tảng quản lý trực tiếp":

• Nghĩa vụ kê khai và nộp thuế thay: Tất cả các sàn giao dịch thương mại điện tử (bao gồm cả ứng dụng di động) có tích hợp tính năng đặt hàng trực tuyến và hạ tầng thanh toán trung gian buộc phải thực hiện nghĩa vụ khấu trừ, kê khai và nộp thuế thay cho các cá nhân, hộ kinh doanh tham gia bán hàng trên nền tảng.

• Tự động hóa điều tiết ngân sách: Cơ quan thuế ứng dụng công cụ phần mềm tự động để phân tích dữ liệu dòng tiền, từ đó tự động phân bổ nguồn thu thuế phát sinh từ hoạt động thương mại điện tử về đúng địa bàn quản lý hành chính nơi cá nhân, hộ kinh doanh đăng ký cư trú hoặc hoạt động.

4. Quản trị nghĩa vụ thuế theo mã định danh khoản nộp (ID) và cơ chế bù trừ tự động

Một trong những đột phá về công nghệ quản lý tài chính công tại Thông tư 89/2026/TT-BTC là việc áp dụng thống nhất Mã định danh khoản phải nộp (ID) đối với từng khoản nghĩa vụ phát sinh của người nộp thuế.

• Quản lý dữ liệu tập trung theo ID: Mỗi khoản thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp sẽ được gán một mã ID duy nhất. Người nộp thuế chỉ cần thực hiện lệnh thanh toán theo mã ID để đảm bảo tiền thuế được hạch toán chính xác, không bị thất lạc hoặc nhầm lẫn tiểu mục.

• Tự động hóa bù trừ tài chính: Khung quản lý mới cho phép Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động phát hiện các khoản nộp thừa của người nộp thuế để xử lý bù trừ ngay lập tức cho các khoản nghĩa vụ nợ thuế hoặc đến hạn nộp khác mà không cần người nộp thuế phải lập hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế nộp thừa phức tạp.

5. Mở rộng giao dịch điện tử và phân luồng quản lý theo mức độ tuân thủ

Nhằm nâng cao hiệu quả quản lý rủi ro và tối ưu hóa nguồn lực kiểm tra thuế, Thông tư 89/2026/TT-BTC đã hoàn thiện cơ chế phân loại người nộp thuế kết hợp với hạ tầng định danh số quốc gia:

• Tích hợp định danh điện tử VNeID: Cá nhân, người lao động và chủ hộ kinh doanh chính thức được sử dụng tài khoản định danh điện tử VNeID mức độ 2 để đăng nhập, thực hiện toàn bộ các giao dịch thủ tục hành chính thuế trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế và ứng dụng eTax Mobile.

• Khung đánh giá mức độ tuân thủ 04 cấp độ: Cơ quan thuế áp dụng thuật toán phân loại người nộp thuế dựa trên 04 mức độ tuân thủ pháp luật. Kết quả phân loại này là căn cứ để cơ quan thuế áp dụng các biện pháp quản lý rủi ro phù hợp: giảm tần suất kiểm tra đối với nhóm tuân thủ tốt, đồng thời tập trung biện pháp thanh tra, giám sát chặt chẽ đối với nhóm có nguy cơ rủi ro cao.