Quy trình quyết toán thuế TNDN 2026 theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

1. Tổng quan điểm mới trong cơ chế quản lý thuế TNDN từ năm 2026

Khung pháp lý về quản lý thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) bước sang giai đoạn hoàn thiện mới với việc đồng bộ hóa hệ thống văn bản từ Luật Quản lý thuế đến các văn bản hướng dẫn thi hành. Trọng tâm của cơ chế mới là cắt giảm thủ tục hành chính ở khâu tạm nộp định kỳ, đồng thời tăng cường trách nhiệm tự xác định nghĩa vụ thuế và phân bổ nguồn thu ngân sách cho các địa phương nơi phát sinh hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Đối với nghĩa vụ phát sinh theo quý, người nộp thuế không bắt buộc phải lập và gửi hồ sơ khai thuế quý. Thay vào đó, doanh nghiệp chủ động tính toán số tiền thuế tạm nộp và thực hiện điều chuyển ngân sách theo tỷ lệ quy định. Việc kiểm tra, đối soát toàn bộ sẽ được tập trung vào kỳ quyết toán năm tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính.

2. Phương thức khai và quyết toán thuế TNDN theo từng nhóm hoạt động

A. Ngành kinh doanh xổ số điện toán

• Nghĩa vụ theo quý: Doanh nghiệp tự tính số thuế tạm nộp phát sinh trong kỳ dựa trên doanh thu và tỷ lệ phân bổ. Tiền thuế được nộp trực tiếp vào Kho bạc Nhà nước tại từng tỉnh, thành phố có phát sinh hoạt động bán vé/đại lý mà không cần nộp tờ khai quý.

• Quyết toán năm: Thực hiện lập tờ khai tổng hợp tại trụ sở chính cho quy mô toàn quốc.

  • Nếu tổng số thuế đã tạm nộp ở các địa phương thấp hơn nghĩa vụ phân bổ thực tế sau quyết toán, doanh nghiệp phải nộp bổ sung phần chênh lệch cho từng địa phương thiếu hụt.

  • Nếu số đã tạm nộp vượt quá nghĩa vụ, phần nộp thừa được hoàn trả hoặc bù trừ theo quy trình xử lý tiền thuế nộp thừa.

B. Bất động sản và hoạt động chuyển nhượng dự án

• Nghĩa vụ theo quý: Bỏ quy định nộp tờ khai quý riêng cho hoạt động bất động sản. Doanh nghiệp tự xác định số thuế tạm nộp để nộp cho cơ quan thuế nơi có bất động sản.

• Cơ chế trừ lùi khi quyết toán: Khi lập tờ khai quyết toán chung tại trụ sở chính, doanh nghiệp được bù trừ số thuế đã tạm nộp tại các tỉnh.

  • Lưu ý quan trọng: Số thuế tạm nộp từ khoản tiền ứng trước của khách hàng theo tiến độ (chưa đủ điều kiện ghi nhận doanh thu tính thuế trong năm) không được đưa vào đối trừ ngay trong kỳ quyết toán đó.

  • Sau khi đối trừ tại địa phương có bất động sản, nếu còn dư lượng thuế đã nộp, doanh nghiệp tiếp tục trừ vào nghĩa vụ thuế TNDN phải nộp tại trụ sở chính. Trường hợp phát sinh thiếu hụt so với quyết toán tổng hợp, tiền thuế còn thiếu sẽ nộp về ngân sách tỉnh nơi đặt trụ sở chính.

C. Doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc, cơ sở sản xuất chi nhánh

• Tạm ứng thuế định kỳ: Trụ sở chính căn cứ vào quy mô hoạt động của các cơ sở sản xuất phụ thuộc (bao gồm cả các đơn vị nằm trong diện ưu đãi) để tự tính và nộp tiền vào ngân sách từng địa phương.

• Quy trình quyết toán tách biệt:

  • Hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường: Quyết toán tập trung tại trụ sở chính và phân bổ nghĩa vụ thuế cho các tỉnh có cơ sở sản xuất.

  • Hoạt động hưởng ưu đãi thuế TNDN: Tách riêng hồ sơ quyết toán. Doanh nghiệp kê khai và xác định nghĩa vụ thuế trực tiếp với cơ quan thuế quản lý, nộp tiền thuế phát sinh của phần ưu đãi vào ngân sách tỉnh nơi địa điểm ưu đãi đọt trụ sở.

D. Công trình thủy điện liên tỉnh

• Phân bổ tạm nộp: Xác định nghĩa vụ tạm nộp hàng quý cho từng tỉnh dựa trên tỷ lệ công suất hoặc diện tích lưu vực theo quy định và nộp thẳng vào ngân sách địa phương tương ứng.

• Quyết toán: Lập tờ khai quyết toán chung tại trụ sở chính. Kết quả quyết toán là cơ sở điều chỉnh tăng/giảm số thuế cho từng tỉnh; chênh lệch thiếu phải nộp bổ sung cho tỉnh đó, chênh lệch thừa xử lý theo cơ chế hoàn/bù trừ thuế.

3. Hệ thống biểu mẫu khai thuế TNDN hiện hành

Hệ thống biểu mẫu tờ khai thuế TNDN áp dụng cho các phương pháp tính thuế và loại hình giao dịch khác nhau được chuẩn hóa theo danh mục sau:

4. Chính sách ưu đãi thuế TNDN: Điều kiện và Danh mục ngành nghề

A. Nguyên tắc áp dụng

Doanh nghiệp xác định ưu đãi dựa trên ngành nghề hoặc địa bàn đầu tư. Trường hợp văn bản quy phạm pháp luật khác có quy định ưu đãi thuế TNDN sai biệt, doanh nghiệp tuân thủ theo khung pháp lý chung về thuế TNDN và các Nghị quyết đặc thù của Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội.

B. Các nhóm ngành nghề trọng điểm được ưu đãi

1. Công nghệ cao & Công nghệ số:

   • Lĩnh vực ứng dụng công nghệ cao, đầu tư mạo hiểm, ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao.

   • Sản xuất phần mềm, sản phẩm/dịch vụ an toàn thông tin mạng, thiết bị điện tử, công nghệ số trọng điểm.

   • Nghiên cứu, thiết kế, sản xuất, kiểm thử chip bán dẫn; hạ tầng trung tâm dữ liệu AI.

2. Công nghiệp hỗ trợ & Chế tạo:

   • Sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ ưu tiên phát triển cho công nghệ cao, dệt may, da giày, điện tử, ô tô, cơ khí.

   • Sản xuất thép cao cấp, máy móc nông-lâm-ngư nghiệp, thiết bị tiết kiệm năng lượng.

3. Năng lượng, Môi trường & Hạ tầng:

   • Năng lượng tái tạo, năng lượng sạch, xử lý chất thải, bảo vệ môi trường.

   • Đầu tư hạ tầng quy mô lớn: Cảng hàng không, cảng biển, đường sắt, nhà máy điện/nước.

4. Dự án quy mô lớn & Khoa học công nghệ:

   • Dự án sản xuất có vốn từ 12.000 tỷ đồng trở lên (giải ngân không quá 5 năm).

   • Dự án thuộc diện ưu đãi đầu tư đặc biệt (giải ngân không quá 10 năm).

   • Doanh nghiệp KH&CN, doanh nghiệp nông nghiệp công nghệ cao.

5. Nông nghiệp, Môi trường & Xã hội:

   • Trồng/chăm sóc rừng, giống cây trồng vật nuôi, bảo quản/chế biến nông lâm thủy sản.

   • Cơ sở hạ tầng xã hội hóa: Giáo dục, y tế, văn hóa, thể thao, môi trường, nhà ở xã hội, xuất bản, báo chí.

C. Địa bàn ưu đãi

• Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn (theo danh mục đầu tư quy định).

• Khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao và khu công nghệ số tập trung.